制限酵素

Q: サザンブロットをするの為のゲノムDNAの制限酵素切断の後、切断が完全性をどのように確認しますか?


A: 完全な切断は一定のバンドパターンで示され、不完全な切断パターンや非特異的な分解による切断パターンと見分ける事ができます。段階的に酵素濃度を低くした制限酵素処理サンプルで一貫して同じ断片化パターンが見られた場合、その制限酵素切断は完全です。高濃度の酵素で反応させたサンプルが少量の酵素で反応させたサンプル中に見られる断片より小さい断片を含むスメアーとして見られる場合、恐らく非特異的な切断反応が起こっています。高濃度の酵素で反応させたサンプルが完全な切断だけを示す場合、段階的に酵素濃度を低くしていくと大きい切断断片を示すようになります。サンプルが完全に切断されている場合や全く切断されていない場合を除いて、段階的に酵素濃度を上下させた制限酵素処理サンプルで一貫した断片バンドパターンは見られません。
DIG標識プローブを用いたサザンブロットの詳細なプロトコールはDIGスペシャルインターネットサイトをご参照下さい。

または、DIGアプリケーションマニュアルfor Filter Hybridizationでご覧下さい。