次世代ゲノムシークエンサーFLXシステム チタニウムシリーズキット より長く、よりハイスループットに進化し続ける454シークエンシングシステム

Sequencing Corner

ロシュ･ダイアグノスティックスでは増加しつつある世界中の様々な研究分野からの強い要望を受けて、現行のゲノムシークエンサー FLX機器で使用できる、ゲノムシークエンサーFLXチタニウムシリーズ試薬を新たにリリースしました。チタニウムシリーズ試薬は、業界トップのロング リードと高精度を特長とする第3世代目の454シークエンシングシステム用試薬です。454シークエンシングシステムのテクノロジーは、約18ヶ月ごとに 約5倍のスループット増加で進化を続けています。

　ゲノムシークエンサーFLXチタニウムシリーズ試薬は、1ランでQ20以上の高精度なリードが100万（1M）以上得られることを特 長としています（表1、図1）。これらの試薬を使用すれば現行のハードウェアをアップグレードする必要なく、さまざまな分野における研究を促進させること が可能です。これまでにde novoシークエンス、ホールゲノムやターゲット領域のリシークエンス、メタゲノムやRNA解析など幅広 いアプリケーションにおいて、ゲノムシークエンサーを使用した文献が300以上（2009年3月現在）も報告されています。チタニウムシリーズ試薬とゲノ ムシークエンサーFLX機器の組合せでより高いパフォーマンスを得ることが可能です。

• 包括的なデータ解析：
     400塩基でQ20以上の高精度リードが1ランで100万（1M）以上得られます。
• コンパクトなデータファイル：
     ランファイルは比較的小さいため大容量のストレージやコンピュータのパワーを必要としません。
• ランニングコスト：
     スループットが約5倍増加し、1ベースあたりのコストが1/10以下となりました。
• ゲノムプロジェクトに最適：
     ショットガンとペアエンドを組合せれば、ゲノムのアセンブルが1ランで完了する場合もあります。
• 研究スピードを加速：
     専用で簡単に使用できる解析ツールにより、迅速に生物学的に有用な情報を得ることができます。

図1：E.coli K-12（ゲノムサイズ；約4.5Mb）から得られた62万9643リードの分布の一例。最頻リード長は504bpでした。

表1：GS FLXチタニウムシリーズのパフォーマンス

スループット	400M～600M塩基* / ラン *フィルタパスした塩基数の一般的な例。平均リード長およびリード数はサンプルの特性に依存します。
ラン時間	10時間
リード長	最頻リード長 ： 500塩基
正確性	400塩基でQ20（400番目の塩基で99％、およびそれ以下の塩基ではそれ以上の正確性）
ランあたりに得られるリード数	高精度のリードが100万リード以上
システムの頑強性	複雑な光学機器、レーザーや可動パーツを使用していません。有効期限の長い試薬

BIOCHEMICA2009 NUMBER2 (No115)