NEW : Universal ProbeLibrary の生物種の追加とデュアルカラー検出によるリファレンス遺伝子アッセイ

Gene Expression Corner

Universal ProbeLibrary でイントロンスパニングアッセイが可能な生物種が追加されました。

トウモロコシ (maize)、イネ、酵母、ゼブラフィッシュなどの生物種は、十分なシーケンスデータが利用可能になって以来、アカデミアや企業の研究にとってよりいっ そう重要になりました。そしてこれらの生物種の特異的なリアルタイムPCRアッセイのニーズも増えてきています。
SYBR Green I アッセイ系の構築と最適化には時間がかかりますが、Universal ProbeLibrary を使用すると様々な生物種 (表 1) において、特異性の高いプローブを使用したイントロンスパニングアッセイ (イントロンを挟んだデザイン) を構築することが可能です。
わずか 165 種類の短い加水分解プローブで、デザイン可能な生物種の殆どの転写産物について、最適化作業無しでアッセイデザインが、オンラインで、迅速・簡単に行うことが可能です。
アッセイデザインソフトウェアに表示される、ターゲット特異的なプライマーに関しては、普段ご利用のオリゴ合成会社へ注文ください。
選択したアッセイを他社製リアルタイムPCR機器で使用するには、新しく発売された Universal Probe Master (ROX) または、LightCycler^® 480 Probe Masterが最適です。

デュアルカラー検出に対応した Universal ProbeLibrary リファレンス遺伝子アッセイ

内在性遺伝子コントロールとのマルチプレックスアッセイを行なうことにより、簡単に目的遺伝子の発現定量が可能になりました。
165 種類の FAM でラベルされた Universal ProbeLibrary プローブに加えて、新たに、ヒトについては、ACTB、HPRT、PGK1、PBGD の 4 種類、マウスとラットについては、GAPD と PBGD の 2 種類の「リファレンス遺伝子アッセイ」が発売になりました。
このアッセイには、各遺伝子について特異的なプライマーと、12 mer の長さの LightCycler^® Yellow 555 とダーククエンチャーでラベルされた Universal ProbeLibrary プローブが含まれています。
ProbeFinder ソフトウェアを使用して、今までのUniversal ProbeLibrary 検索と同じように、マルチプレックスアッセイを考慮したアッセイデザインを行うことが可能です。
マルチプレックスアッセイの組み合わせのユニークさと特異性については、in silico にて検証済みです。
図 1 に示されるように、チャンネル間においてのクロストークは見られず、またモノカラーとデュアルカラーアッセイにおける Cp 値のシフトは見られません。

リファレンス

1. Leucht C, Bally-Cuif L (2007) Biochemica 2:16-18
2. Wu RM et al. (2007) Biochemica 2:12-15
3. Horst I, Peterhansel C (2007) Biochemica 1:8-10
4. Bakker O (2006) Biochemica 3:8-9
5. Rees Effi et al. (2006) Biochemica 2:25-27

表 1 : 下記の生物種において高確率でイントロンスパニング (イントロンを挟んだ) アッセイが簡単にデザイン出来ます。

生物種	学名	アッセイ数	カバー率
ヒト	Homo sapiens	>639,500	99%
マウス	Mus musculus	>509,500	99%
ラット	Rattus norvegicus	>364,000	98%
霊長類	Pan troglodytes	>519,500	96%
ショウジョウバエ	Drosophila melanogaster	>253,500	99%
シロイロナズナ	Arabidopsis thaliana	>199,000	98%
線虫	Caenorhabditis elegans	>134,000	95%
トウモロコシ	Zea mays	>61,500	94%
イネ	Oryza sativa	>898,500	98%
ゼブラフィッシュ	Danio rerio	>630,000	98%
酵母	Saccharomyces cerevisiae	>42,000	95%
トータル		>5,000,000

図1：Universal ProbeLibrary リファレンス遺伝子アッセイを使用したデュアルカラー定量PCRの一例。
本文段階希釈した ｃDNA を、LightCycler^® 480 を使用して、モノカラーおよびデュアルカラーアッセイし、FAM（a）および LightCycler^® Yellow 555（b）を検出しました。

Order INFO

製品名	製品番号	包装単位	希望価格
Human PBGD Gene Assay	5 046 149	500回反応	\58,000
Human HPRT Gene Assay	5 046 157	500回反応	\58,000
Human ACTB Gene Assay	5 046 165	500回反応	\58,000
Human PGK1 Gene Assay	5 046 173	500回反応	\58,000
Mouse ACTB Gene Assay	5 046 190	500回反応	\58,000
Mouse GAPD Gene Assay	5 046 211	500回反応	\58,000
Rat GAPD Gene Assay	5 046 220	500回反応	\58,000
Rat ACTB Gene Assay	5 046 203	500回反応	\58,000
FastStart Universal Probe Master (Rox)	4 913 949 4 913 957 4 914 058 4 914 066	2 x 1.25 ml(100回) 10 x 1.25 ml(500回) 10 x 5 ml(2000回) 1 x 50 ml(2000回)	←製品番号をクリック

BIOCHEMICA2007 NUMBER4 (No109)