DNAマイクロアレイ上での発現分析における効率的製品

新製品コーナー

はじめに

ヒトゲノムシークェンスプロジェクトが完了した時、大量のゲノム情報は、ゲノムスケールでの遺伝子発現分析と、様々なシークェンス変異の迅速検出を、可 能とする方法を必要とします。遺伝子発現分析の最適なツールは、数百から数千の遺伝子の発現における変動を同時に実験できる、DNAハイブリダイゼーショ ンアレイです。それはDNAアレイが、マクロアレイやマイクロアレイ、高密度オリゴヌクレオチドアレイなどの様々なプラットフォームの上で、ファンクショ ナルゲノミクス研究の様々なエリアにその道を得ているからです。アレイは、様々な支持体（ナイロンメンブレン、ガラススライド、シリコン／セラミックチッ プ）上で、固相化された遺伝子特異的シークェンス（プローブ）を提供し、種々の生物ソースからの核酸のコピーである標識ターゲットとハイブリダイズしま す。
これは、ターゲットの調製と標識における信頼性の有る効率的なツールを必要とします。RNAは貴重な少量サンプルから抽出され、T7ポリメラーゼにより 作成されたcRNAによるcDNA調製の間に、あるいはPCRによる増幅（100－1000倍）により、直接に標識されます。このステップは、ターゲット 材料の偏った増幅により起こるハイブリダイゼーションによる差異を避けるために、高度に再現性が良く効率的でなくてはなりません。

それゆえロシュ・ダイアグノスティックスは、開始材料が少なく、高い感度が要求される発現プロファイリングに特に適したDNAマイクロアレイ分析用製品 群を開発しました。それぞれの製品はRNA調製から標識ターゲットの調製までの、実験の流れをカバーするために、組合わせて使用するようにデザインされて います。各ステップ後に、反応産物（1本鎖あるいは2本鎖cDNA）から残余の不純物やヌクレアーゼを除去することが必須です。それゆえ、すべてのサンプ ルに適用可能な核酸精製キットも開発しています。

図1：ターゲット増幅操作

製品の記述

cDNA合成システム

十分に確立されたcDNA合成システムが、少ないトータルRNAの開始材料（1-20μg）からでも、簡便な1チューブでのds cDNA合成法を提供します。添付の、Oligo（［dT24］T7プロモーター）プライマーを使用することで、次のトランスクリプション反応に用いられ る、T7 RNAポリメラーゼプロモーターを含む、cDNAが合成されます。

マイクロアレイターゲット精製キット

マイクロアレイターゲット精製キットは、ターゲットの標識および増幅過程における様々な、以下の合成核酸の精製用に、特にデザインされています。

• 1^st ストランドcDNA合成後のss cDNA
• cDNA標識後のss cDNA
• 2^nd ストランドcDNA合成後のds cDNA
• PCR産物
• In-Vitro トランスクリプション後のcDNA

キットは残余の、ヌクレオチド、プライマー、タンパク質、ヌクレアーゼ、高感度のマイクロアレイハイブリダイゼーション操作に干渉する反応成分を除去します。この工程は核酸の沈殿、フェノール/クロロフォルム抽出などの操作を必要としません。

マイクロアレイ ターゲット合成キット（T7）

マイクロアレイ ターゲット合成キット（T7）は、ターゲット調製のための細胞が10⁵-10⁶個という少なさでも、大量の標識cRNAが、高い信頼性で再現性良く調製できるようにデザインされています。その特徴は：

• （1μgのトータルRNAから得られる）少量のcDNAでも可能
• わずか2-3時間の短い反応時間（図2）
• 00μgの高収量cRNA
• 広いレンジのハプテンおよび蛍光標識ヌクレオチドが使用可能
• 至適のヌクレオチド濃度と反応条件による経済的な標識

本キットで合成および標識されたターゲットは、様々な市販のDNAアレイで試験されました。実験における主流となっているダブルラベリング法と比較した時、一つの標識ヌクレオチドで信頼性の置ける結果を得るのに十分であることが見出されました。

図2：1，2，3時間のインキュベーション後の、様々な量のトータルRNAからのDIG標識cRNA。

近日発売

しばしば、少量のサンプル材料（1000細胞以下）からの効率的なターゲット調製には、PCRに基づく増幅法が必要とされます。マイクロアレイ ターゲット合成キット（PCR）において、50 ngのトータルRNAからの効率的で再現性のあるmRNA増幅を可能とする、ランダムプライマーに基づくPCR増幅を至適化しました。
そのPCR産物はその後、ss cDNAを得るためのマイクロアレイ ターゲット合成キット（T7）等の、様々な方法で標識することができます。

Order INFO

製品名	製品番号	包装単位	希望価格
マイクロアレイターゲット 精製キット	3266885	1キット	←製品番号をクリック
マイクロアレイ ターゲット 合成キット（T7）	3266877	1キット	←製品番号をクリック
マイクロアレイ ターゲット 合成キット（PCR）			近日発売
cDNA合成システム	1117831	1キット	←製品番号をクリック

BIOCHEMICA 2002 NUMBER 1（No. 86）