ラボのニーズを満たす新たなスケールのシークエンスシステム

GSジュニアシステムは、あなたのラボで454シークエンステクノロジーのパワーをダイレクトに発揮します。上位機種であるゲノムシークエンサーFLXシステムで実証されたロングリード（長いリード長）シークエンスパフォーマンスを研究室レベルに合わせたスケールで活用できるようになりました。簡単なサンプル調製工程、一晩で完了するシークエンスランとデータ処理、専用データ解析ソフトウェアの組合せで、DNAから新たなデータの発見までをスムーズに行うことが可能です。

システム性能
スループット	> 35 M塩基/ラン。フィルタパスしたハイクオリティデータ*
ラン時間	10時間（シークエンスラン） 2時間（データ処理）
リード長	最頻長 = 約500塩基 平均長 > 約400塩基
1塩基あたりの精度	400塩基のQ20リード長 （400番目の塩基で精度99%、それ以下の塩基ではそれ以上の正確性）
リード数/ラン	100,000リード (平均)
サンプル	ゲノムDNA、PCR産物、cDNA、BACなど
本体サイズ	40cm（W）×60cm（D）×40cm（H） 重量 = 約25kg
コンピュータ	LinuxベースOS すべてのソフトウェアは、インストール済み。
*一般的な結果です。平均リード長及びリード数はサンプルの特性に依存します。

 

特長

GSジュニアシステムは、サンプル調製、シークエンスそしてデータ解析までのトータル シークエンス ソリューションを提供します。簡単で確実性の高いプロトコールにより、どんなラボにおいても理想的で最適なワークフローを実現します。

半日以下でライブラリの調製が可能： 分かりやすいサンプル調製プロトコール。
一般的なラボの設備でサンプル調製が可能： 多くの付属品を購入する必要はありません。
一晩でシークエンスランが完了： ラン時間はわずか10時間
配列データからサイエンティフィックに意味のあるデータ解析を： de novoアセンブル、マッピング、アンプリコン変異解析ツールが付属。

 

ワークフロー

1. サンプルの断片化
GSジュニアシステムは、ゲノムDNA、PCR産物、BAC、cDNAなど多種多様な出発材料を用いたサンプルのシークエンスをサポートします。ゲノムDNAやBACなどのサンプルは、300～800 bp程のサイズにランダムに断片化します。小さな非コーディングRNAやPCR産物のようなDNAフラグメントサイズの小さなサンプルの場合、断片化は不要です。代わりに、専用に合成されたフュージョンプライマーを使用して増幅したPCR産物を、DNAキャプチャービーズ上に固定します。その後、後述のようにモノクローナルな増幅を行います（「1断片=1ビーズ」の項を参照ください）。

2. ライブラリ調製
一連の一般的な分子生物学的手法を用いて、DNAアダプタを各ライブラリ断片に付加します。これらのアダプタを使用して以後の定量、増幅、シークエンスを行います。

3. 1断片 = 1ビーズ
1本鎖DNAライブラリは、DNAキャプチャービーズ上に固定されます。1つのビーズは、1分子の1本鎖DNAライブラリ断片と結合します。ビーズと結合したライブラリは、増幅試薬とともに油中水滴エマルジョン化され、1ビーズ = 1サンプル断片のみを含むマイクロリアクターを形成します。

4. emPCR (エマルジョン PCR)
各ライブラリ断片は個別のマイクロリアクター内でクローナルに増幅するため、他の配列の競合や混入はありません。すべての断片の増幅は、並列的に行われ、各断片は数百万コピーにまでキャプチャービーズ上に増幅されます。その後エマルジョンを破壊し（ブレイキング）、DNAが増幅したキャプチャービーズを回収します。
 
5. 1ビーズ = 1リード
クローナルに増幅されたDNA断片をもつキャプチャービーズを濃縮（エンリッチ）し、シークエンスのためピコタイタープレートへローディングします。ピコタイタープレートのウェルの直径は、ウェルにちょうど1個のビーズが入る大きさです。シークエンス酵素と試薬を加えた後、機器システムのフルイディクスサブシステムにより、それぞれ1個のビーズが入った何十万ものウェルの全域へ、一定の順序（最初にT、次いでAなど）で、ヌクレオチドを繰り返し流します。鋳型DNAと相補的な1個（またはそれ以上の）ヌクレオチドが追加されると化学発光シグナルが生じ、機器システムのCCDカメラが記録します。生じるシグナルの強さは、取り込まれた塩基の数と比例します。

6. データ解析
ピコタイタープレート全体から発するシグナル強度と位置情報の組合せにより、およそ100,000個の配列をソフトウェアで決定します。配列データ解析のために、配列データ解析のために、3Gまでのde novoゲノムアセンブル、任意のリ・シークエンス/マッピング、および既知のリファレンス配列との比較によるアンプリコン変異の検出などのアプリケーションをサポートする、3つの異なるバイオインフォマティクスツールが用意されています。